Academia Română a fost gândită şi ca o instituţie cu preocupări enciclopedice, îmbrăţişând toate domeniile literelor, ştiinţelor şi artelor. Ca urmare, a fost împărţită încă de la început în trei secţiuni: Literară, Istorică şi Ştiinţifică, primele două secţiuni înfiinţate chiar în 1867, după adoptarea celui dintâi Statut al Societăţii Academice Române, iar cea de-a treia în 1872, odată cu alegerea unor membri din domeniile ştiinţelor naturii. Această structură s-a menţinut neschimbată până în 1948. Noi secţii au fost create ulterior, potrivit cu diversificarea ştiinţelor, numărul lor sporind de la şase în 1948, la opt în 1955, apoi la 12 în 1965 şi 14, câte sunt din 1990 până în prezent. Creşterea, după 1948, a numărului de institute de cercetare subordonate Academiei Române, dar mai cu seamă a răspândirii lor în întreaga ţară au determinat înfiinţarea unor filiale ale Academiei Române la Iaşi şi Cluj, cărora li s-au alăturat, din 1955, Baze de cercetări ştiinţifice la Târgu Mureş şi Timişoara, aceasta din urmă transformată ulterior în Filială a Academiei Române.

În subordinea Academiei Române funcţionează două instituţii de mare însemnătate şi prestigiu: Biblioteca şi Editura Academiei Române. În anul 1867 s-au pus bazele Bibliotecii Academiei Române, ale căror fonduri au sporit mereu prin donaţii, achiziţii şi schimburi cu instituţii similare din ţară şi din străinătate, ea având încă de la început misiunea de a aduna şi conserva în colecţiile sale fondul naţional de manuscrise şi tipărituri, ilustrând istoria şi cultura românească, precum şi istoria şi civilizaţia universală. Colecţiile acestei biblioteci naţionale - cea mai de seamă din România, atât prin numărul, cât şi prin valoarea patrimoniului său - au o structură enciclopedică, începând cu cele mai vechi texte în limba română sau în limbile de cancelarie şi cult care au circulat în interiorul spaţiului românesc, până la ultimele publicaţii de orice tip. În vederea unei mai bune conservări a celor circa 11 milioane de documente aparţinând patrimoniului spiritual naţional şi universal existente în depozitele Bibliotecii, în 2001 a fost inaugurat un nou edificiu de 16 000 m2, realizat la cele mai înalte cerinţe de păstrare a cărţilor, manuscriselor, hărţilor, stampelor, monedelor etc. existente în colecţiile sale. Din anul 1948, funcţionează Editura Academiei Române, cu rolul de a publica lucrările membrilor Academiei Române, cele realizate în cadrul institutelor, precum şi revistele institutelor Academiei Române (în număr de 94, din care 43 apărute în limbi străine), ca şi unele publicaţii specifice: „Analele Academiei Române”, apărute neîntrerupt din anul 1869 până în prezent, şi „Memoriile” celor trei secţii, literară, istorică şi ştiinţifică, secţii cărora, din anul 1986 li s-au alăturat şi „Memoriile Comisiei de folclor a Academiei Române”, iar din anul 1990 -„Anuarul Academiei Române”; activitatea Academiei Române mai este reflectată şi în paginile unei alte publicaţii, înfiinţată tot în anul 1990 - „Academica”. De asemenea, în subordinea Academiei Române se află şi Casa Oamenilor de Ştiinţă, inaugurată în anul 1951, al cărei rol este atât asigurarea condiţiilor tehnico-materiale şi administrativ-gospodăreşti necesare desfăşurării în bune condiţii a programelor ştiinţifice iniţiate de Academie, cât şi administrarea şi întreţinerea caselor de odihnă şi de creaţie, caselor memoriale, rezervaţiilor naturale etc.

Până în anul 1948, Academia Română a putut funcţiona datorită donaţiilor primite din partea unor particulari, subvenţiile statului fiind reduse şi nepermanente. De-a lungul anilor, Academia Română a primit însemnate sume de bani, terenuri, acţiuni în diverse bănci din ţară sau din străinătate, opere de artă, monede, manuscrise, documente, cărţi, periodice, hărţi etc., ele demonstrând respectul de care se bucura instituţia academică în toate mediile sociale, dar şi încrederea că donaţiile făcute vor fi folosite întocmai scopului pentru care erau destinate. Ca urmare, prin grija şi sub patronajul Academiei Române s-au deschis şcoli, spitale, fundaţii cu scop cultural etc., au fost trimişi tineri la studii în străinătate. Cele mai multe sume erau însă destinate de donatori instituirii de premii care să le poarte numele şi care să se acorde celor mai valoroase lucrări în diferite domenii ale ştiinţelor, literelor şi artelor ori traducerilor din operele clasicilor Antichităţii. După anul 1948, Academia Română a pierdut, în urma naţionalizării, toate proprietăţile deţinute până atunci şi care constituiau principala ei sursă de venituri, ea devenind instituţie subvenţionată numai de la bugetul de stat. După anul 1990, prin eforturi stăruitoare, Academia Română a început să-şi recupereze o parte din bunuri şi a continuat să primească diferite donaţii şi sponsorizări, acestea din urmă susţinând, între altele, material premiile cu care Academia Română recompensează anual cele mai valoroase lucrări în diferite domenii ale literelor, ştiinţelor şi artelor, ridicarea noului local al Bibliotecii Academiei Române etc.