Istoria Premiilor Academiei Române precede însăşi înfiinţarea acestei prestigioase instituţii. Astfel, în 1863, domnitorul Al. I. Cuza decide donarea sumei de 5.600 de galbeni pentru acordarea de premii ştiinţifice şi literare, din care 1.000 de galbeni sunt destinaţi unui premiu „pentru cel mai bun uvragiu ştiinţific scris în limba română“. În acelaşi an se înfiinţează premiul care îi purta numele.

Suma donată de Al. I. Cuza în 1863, împreună cu fondul „Zappa“, a constituit baza materială a Societăţii Literare Române, care în 1867 decide constituirea „premiilor fondatorilor“, ce urmau să fie acordate pentru „un tratat raţional de ortografie românească, pentru cea mai aleasă traducere a Germaniei lui Tacitus şi pentru cea mai completă descriere geografică a ţărilor româneşti“. În anul următor, premiul era acordat lui Timotei Cipariu, pentru manuscrisul lucrării Gramatica limbii române. Partea analitică.

De-a lungul anilor, numărul premiilor a crescut datorită unor donaţii, între care aceea a generalului Constantin-Herescu Năsturel, din 1873, destinată premierii a două categorii de lucrări. Prima, de 5.000 lei, pentru cea mai bună lucrare propusă de Societatea Academică Română în istorie, arheologie, geografie, ştiinţe morale şi politice, economie socială, fizică; a doua destinată lucrărilor de literatură naţională, istorie, religie, filosofie şi artă, apărute în cursul anului respectiv. Trei ani consecutivi, valoare premiului era de 4.000 de lei, urmând ca în cel de-al patrulea an să fie decernat „Marele premiu Năsturel-Herescu“, pentru literatură, în valoare de 12.000 de lei. Pentru acest generos act, Constantin-Herescu Năsturel a fost numit membru donator. Între cei distinşi cu „Marele premiu Năsturel-Herescu“ se numără Al. Odobescu, Vasile Alecsandri, G. Sion, Gregoriu Ştefănescu, Al. Valhuţă, George Coşbuc, I. Sârbu, George Murnu ş.a.

În 1879, când, printr-un decret semnat de Regele Carol I, Societatea Academică Română a devenit Academia Română, s-a stabilit ca din bugetul statului să fie acordată suma de 30.000 de lei, cu scopul instituirii a două premii, unul literar şi altul ştiinţific – „Gheorghe Lazăr“ şi „Ion Heliade Rădulescu“ –, fiecare în valoare de cel puţin 5.000 de lei. Între laureaţii premiului „Ion Heliade Rădulescu“ se numără B.P. Hasdeu, A.D. Xenopol, Simion Florea Marian, Barbu Ştefănescu Delavrancea. De premiul „Gheorghe Lazăr“ au beneficiat, între alţii, Dimitrie Brândză, P.S. Aurelian, Constantin I. Istrati, Emanuel Bacaloglu.

În 1945, Dimitrie Gusti anunţa intenţia industriaşului Nicolae Malaxa de a conferi Academiei Române „un nimb de reputaţie mondială“, donând „un fond similar cu fondul Premiului Nobel“ din care să se acordate „trei premii mondiale, unul pentru ştiinţele matematice, unul pentru tehnică şi unul pentru ştiinţele sociale, morale şi politice“. Evenimentele istorice care au urmat au împiedecat înfăptuirea acestui proiect.

Începând din 23 august 1944, odată cu instaurarea regimului comunist în România, începe „criza“ Premiilor Academiei Române. Despre această situaţie au vorbit Andrei Rădulescu şi apoi Dimitrie Gusti, care arăta că în anul 1944 au fost decernate doar 42 de premii din totalul celor 105. Când, în anul următor, situaţia s-a repetat, Emil Racoviţă a apreciat că valoarea prea mică a unui premiu se datora numărului mare de premii. În consecinţă, s-a decis mărirea valorii premiilor şi suspendarea temporară a unora dintre ele. Situaţia s-a agravat în 1948, când cu greu doar 20 de lucrări din cele 50 prezentate au fost premiate.

În 1949, prin decret prezidenţial se instituiau 15 premii anuale, în valoare de 200.000 de lei fiecare: „Gheorghe Lazăr“, „Nicolae Teclu“, „Emil Racoviţă“, „Gheorghe Doja“, „Aurel Vlaicu“, „Nicolae Bălcescu“, „George Coşbuc“, „Ion Creangă“, „I.L. Caragiale“, „Constantin Dobrogeanu Gherea“, „Alexandru Sahia“ şi „Ciprian Porumbescu“.

Din 1986 s-a sistat acordarea Premiilor Academiei Române.

În 1990, la puţin timp după revenirea la titulatura de Academia Română, s-a discutat problema reinstituirii premiilor. Acestea au fost acordate retrospectiv, începând cu anii 1986 şi 1987, într-un proces de revenire la stabilitate.

Începând cu 19 iulie 1999 intră în vigoare noul Regulament de acordare a Premiilor Academiei Române. Acesta prevede acordarea unui număr de 75 de premii anuale, repartizate pe domenii corespunzătoare celor 14 secţii ştiinţifice ale Academiei Române. Fiecare premiu poartă numele unei personalităţi ilustre din domeniul creaţiei ştiinţifice, literare şi artistice româneşti.