Comisia pentru Ocrotirea Monumentelor Naturii (CMN) colaborează cu subcomisiile de specialitate din cadrul filialelor Academiei Române, cu institutele și centrele din reţeaua Academiei Române, cu institute naționale de cercetare, cu universități și unități școlare din învățământul preuniversitar, cu grădini botanice și muzee de ştiinţele naturii, cu bănci de gene, cu administrațiile rezervațiilor naturale protejate, cu Ministerul Mediului, Apelor şi Pădurilor, Administrația Rezervației Biosferei Delta Dunării, Agenția Națională pentru Arii Naturale Protejate, Agenția Națională pentru Protecția Mediului, cu organizații nonguvernamentale de mediu, cu persoane fizice sau juridice în exercitarea atribuțiilor sale:

- avizează și promovează către autoritatea publică centrală de mediu propunerile privind constituirea unor noi arii naturale protejate;

- avizează și propune autorității publice centrale de mediu anularea regimului de arie naturală protejată în situațiile în care valoarea și capacitatea conservativă pentru care a fost instituit acel regim nu se mai justifică;

- participă la organizarea sistemului național informațional pentru arii naturale protejate;

- avizează modificarea suprafețelor și limitelor ariilor naturale protejate din rețeaua națională de arii protejate;

- avizează modificarea traseelor turistice și deschiderea de trasee turistice noi în cuprinsul ariilor naturale protejate din rețeaua națională;

- avizează numirea membrilor în structurile științifice și de administrare a ariilor naturale protejate din rețeaua națională de arii naturale protejate;

- colaborează cu autoritatea publică centrală pentru protecția mediului la organizarea şi dezvoltarea în România a Rețelei Europene NATURA 2000, precum și a altor rețele europene și internaționale;

- elaborează studii și colaborează cu autoritatea publică centrală pentru protecția mediului la realizarea Catalogului și Atlasului Ariilor Protejate din România, a Listelor și Cărților Roșii ale speciilor de ciuperci, plante și animale, precum și ale habitatelor din România;

- inițiază și promovează programe de cercetare științifică pentru cunoașterea și evaluarea stării habitatelor, a speciilor din flora spontană și fauna sălbatică și a altor resurse ale patrimoniului natural;

- elaborează studii și colaborează la promovarea unor proiecte pentru ocrotirea și conservarea habitatelor naturale și a diversității biologice, restaurării habitatelor deteriorate, refacerii unor populații viabile de specii amenințate cu dispariția;

- avizează studiile de evaluare a stării resurselor biologice din flora spontană și fauna sălbatică care se valorifică în diferite scopuri economice și sociale, pentru stabilirea condițiilor și a măsurilor care să asigure utilizarea lor sustenabilă, menținerea potențialului natural de regenerare, a integrității structurale și funcționale a ecosistemelor terestre și acvatice și a echilibrului ecologic;

- analizează şi avizează efectuarea unor lucrări cu impact asupra mediului pe teritoriul ariilor naturale protejate din rețeaua națională;

- promovează și sprijină evaluarea stării diversității biologice existente în afara ariilor naturale protejate și colaborează la stabilirea măsurilor necesare protecției și conservării naturii;

- contribuie la diseminarea strategiilor de conservare şi utilizare sustenabilă a biodiversității;

- editează revista „Ocrotirea Naturii“ și participă la editarea altor publicații în domeniu;

- participă în consiliile științifice ale ariilor naturale protejate;

- organizează conferințe cu tematică de ocrotirea naturii și conservarea biodiversității.